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光緒廿一年(西元1895年)中日甲午戰爭後，台灣割讓給日本，隨著日本軍隊進駐台灣，日本人以及佛教各宗派也隨軍隊布教，甚至駐錫各地，而花蓮吉安鄉在日據時期稱為「吉野」，是當時日本政府有計畫的移民村。

後來隨著移民人口增加，於大正6年（西元1917年，民國6年）日本移民川端滿二在花蓮吉安鄉籌建了一座以日本寺院建築風格的「吉野布教所」，也就是現在的慶修院。

到了大正11年(西元1922年，民國11年)又在花蓮慶修院旁增建木造宿舍，一方面供做講堂課室，一方面供信眾靈療養病之用，整體建築以檜木與楠木建造，慶修院拜堂四周有迴廊，花木扶疏，環境十分清靜幽雅。

花蓮慶修院當時是為了安撫日本移民者所建立的，所以建築本身就是依照日本風格設計，慶修院所供奉的的佛像也是依照日本當地的模式建照，迴廊上則有一排八十八尊佛像，在日本每一尊都象徵著人的不同煩惱，參拜完八十八尊佛像，就象徵把煩惱拋開，十分具有意義性。

花蓮慶修院建築為「寶形造」四角鐵皮屋面，三面為木欄杆，整體環境十分清幽，且因創建人用心經營，為慶修院留下許多重要文物，十分具有歷史意義。

花蓮慶修院於民國84、85年間被列為國家第三級古蹟，為了保存這項珍貴的文化資產，相關單位也進行了相關的修復工程，使慶修院成為花蓮的文化觀光景點。